年末調整の電子化を解説｜やり方やメリット・デメリット、進める手順も紹介

2020年10月から、年末調整の書類を電子データで提出できるようになり、紙から電子化へ移行する企業が増えています。

電子化によって手続きがスムーズになり、入力ミスも軽減されるため、人事担当者・従業員の双方にとって使い勝手のよい仕組みといえるでしょう。

この記事では、年末調整を電子化するための具体的なやり方や流れを解説します。電子化によって得られるメリット・デメリットや、導入に必要な準備・注意点もあわせて紹介します。

１．年末調整の電子化とは？

年末調整の電子化とは、これまで紙で処理をおこなっていた年末調整の申告手続きを、デジタルデータを用いてオンラインで完結させる仕組みのことです。

具体的には、従業員が控除証明書などを「紙」ではなく「データ」で受け取り、e-Tax（国税電子申告・納税システム）や光ディスク、あるいは会社が導入している年末調整システムを使って申告書を作成・提出する流れを指します。

平成30年（2018年）の税制改正により、令和2年分の年末調整からは、保険料控除や住宅借入金等特別控除に関する控除証明書などを、勤務先へ電子データで提出できるよう法整備が進みました。

企業側は、従業員から提出された電子データを給与計算システムなどに直接取り込むことで、手作業による入力や計算ミスを防ぎ、業務を大幅に効率化できます。

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２．【一覧】電子化できる年末調整の書類

電子化の対象となる主な書類は次のとおりです。

引用：国税庁「年末調整手続の電子化及び年調ソフト等に関するよくある質問（ＦＡＱ）」

電子化を進める際は、年末調整だけにとどまらず、対応できる業務から段階的に切り替えていくとよいでしょう。

ただし、重要書類をいきなり電子化すると、操作に慣れるまで時間を要し、戸惑う従業員が出る可能性もあります。事前説明や研修をおこない、従業員がスムーズに扱えるようサポートしましょう。

なお、国外に住む親族に関する証明書や、勤労学生であることを示す証明書は、法律上データで提出することができません。これらは年調ソフトに必要事項を手入力したうえで、これまでどおり紙の書類を提出してもらう必要があります。

３．年末調整の電子化が推進されている理由

年末調整の電子化は、国が主導する働き方改革や社会全体のデジタル化が主な推進目的です。企業には、この流れに乗り遅れないよう、規模や従業員数に適した方法で、電子化対応を進めることが求められます。

働き方改革の推進

年末調整の電子化は、働き方改革を後押しします。申告手続きがオンラインで完結するため、従業員はオフィスに出社せず、自宅や好きな場所で手続きができます。これは、テレワークや多様な働き方を支援することにつながるでしょう。

また、担当者の業務負担が大幅に軽減されることで、年末の特定時期に集中しがちだった長時間労働の是正も期待できます。

ペーパーレス化・DX化の促進

電子化は、企業のデジタルトランスフォーメーション（DX）を推進する施策の一つです。紙書類を大幅に減らせるため、印刷費や保管スペース、管理の手間を削減できます。

これはコスト削減だけでなく、環境負荷の軽減にもつながります。また、全従業員が関わる年末調整をデジタル化することで、組織全体のIT活用への意識を高めるきっかけになるでしょう。

一部の企業では義務化

令和3年1月の申告分より、法定調書（年末調整）の電子提出が義務化されました。前々年度に提出した法定調書の枚数が100枚以上の企業が対象です(※令和9年1月1日以降は30枚以上に変更予定)。

該当企業は、e-Taxまたは光ディスク等での電子申告が必要です。多くの従業員を抱える企業にとって、年末調整の電子化はもはや選択肢ではなく、必須の対応となっています。この義務化も、社会全体の電子化を加速させる要因の一つです。

出典：国税庁「No.7455 法定調書の提出枚数が100枚以上の場合のe-Tax、光ディスク等又はクラウド等による提出義務」

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４．電子化された年末調整のやり方

年末調整を電子化するには、企業と従業員それぞれに対応すべきことがあります。ここでは、その流れを6つのステップに分けて紹介します。

1. 企業が電子化に必要な手続きを実施
2. 従業員が控除証明書データを取得
3. 従業員が年末調整ソフトで申告書を作成・提出
4. 企業が給与システムなどで年税額を計算
5. 企業が電子申告用データをe-Tax・eLTAXで提出
6. 企業がデータを原本として保管

①企業が電子化に必要な手続きを実施

まず、電子申告に必要なインフラを整えます。これは主にe-Tax（国税）とeLTAX（地方税）を利用するための準備です。

電子証明書を取得する

電子証明書は、インターネット上でやり取りされるデータが「確かに本人（または会社）が作成・送信したもの」であることを証明するものです。

電子申告では、送信データの改ざんを防ぐために電子署名が必要で、署名には事前に電子証明書を取得しておかなければなりません。

法人の場合によく使われるのが、法務局（登記所）が発行する「商業登記電子証明書」です。本店所在地を管轄する法務局に申請すれば入手できます。

カードリーダーを準備する

取得した電子証明書が入っているICカード（マイナンバーカードや商業登記電子証明書カードなど）の情報をPCに読み込むために、カードリーダーが必要です。

購入前に、PCのOSに対応しているか、マイナンバーカードに対応しているかなどを必ず確認しておきましょう。

e-Tax（国税）の利用手続きをする

e-Taxは、所得税や法人税などを国（税務署）に電子申告するためのシステムです。利用を始めるには、「利用者識別番号」という16桁のIDを取得する必要があります。

この番号は、納税地を管轄する税務署に「電子申告・納税等開始（変更等）届出書」を提出するか、国税庁のe-Tax公式サイトからオンラインで利用開始手続きをすることで取得できます。

電子申告における企業のIDとなる大事な番号なので、失くさないよう大切に管理しましょう。

eLTAX（地方税）の利用手続きをする

eLTAXは、住民税や事業所税など、地方税を各市区町村へ電子申告するためのシステムです。eLTAXの公式サイトから利用届出を行い、「利用者ID」を取得します。

eLTAXを利用すると、複数の地方公共団体への申告もまとめておこなえるため、地方税の申告業務を大きく効率化できます。

②従業員が控除証明書データを取得

従業員は、自身の控除証明書を電子データで取得します。下記が主な方法です。

• 生命保険会社など、契約先のサイトから直接ダウンロードする
• 政府が運営する「マイナポータル」を経由して一括で取得する

従業員が戸惑わないよう、企業側で事前に「どこから・どう取得すればいいか」を事前に案内しておくことが大切です。

③従業員が年末調整ソフトで申告書を作成・提出

従業員は、国税庁が無料提供している「年末調整控除申告書作成用ソフトウェア（年調ソフト）」や、会社が導入した年末調整システムを使って申告書データを作成します。

画面の案内にしたがって住所・氏名などの基本情報を入力し、②で取得した控除証明書データを取り込むだけで、控除額などは自動で計算されます。完成した申告書データは、そのままシステム経由で会社に提出します。

④企業が給与システムなどで年税額を計算

企業側は、従業員から提出されたデータを専用システムに取り込み、年末調整の処理を進めます。取り込んだ情報をもとに、年末調整ソフトが年税額や過不足額を自動計算してくれるため、これまで手作業で行っていた計算業務の負担を大きく減らすことができます。

⑤企業が電子申告用データをe-Tax・eLTAXで提出

年税額の計算が終わったら、企業は給与支払報告書や源泉徴収票などの法定調書データを作成します。年末調整システムや申告ソフトを使えば、これらの書類も自動作成が可能です。

作成した電子申告データを、①で準備したe-TaxおよびeLTAXを通じて、それぞれ税務署や各市区町村にオンラインで提出します。

⑥企業がデータを原本として保管

従業員から提出された申告書データや、企業が作成した法定調書のデータは、原則7年間、電子データを「原本」として保管する必要があります。クラウド型システムを利用すれば、サーバー上で安全に保管できます。

このとき、電子帳簿保存法の要件を満たす形で保存することが重要です。

参考：国税庁「年末調整手続の電子化に向けた取組について」

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５．年末調整を電子化するメリット

年末調整を電子化すると、申告をおこなう従業員と、手続きを管理する企業の双方にとってメリットがあります。単に「作業が早くなる」だけでなく、書類紛失のリスク低減や従業員の満足度向上にもつながります。

ここでは、従業員側・企業側、それぞれのメリットをみていきましょう。

【従業員側の3つのメリット】

年末調整の電子化によって、従業員は申告手続きの手間や書類紛失の不安を減らすことができます。主なメリットは次の3つです。

1. 入力ミスや記入漏れが削減される
2. 申告書作成の負担が減る
3. 書類紛失のリスクが下がる

①入力ミスや記入漏れが削減される

年末調整システムは、複雑な控除額の計算を自動でおこないます。たとえば、生命保険料控除や配偶者控除なども、入力した内容にもとづいてシステム側で自動計算されるため、手書きや電卓で計算していた場合に比べて、はるかに正確に手続きを進められます。

さらに、必須項目が入力されていないと先に進めないバリデーション機能や、入力内容の矛盾を検知するアラート機能が搭載されているため、記入漏れや間違いの未然防止が可能です。

担当者からの差し戻しや修正依頼がなくなり、一度の手続きで申告を完了させられます。

②申告書作成の負担が減る

従来の紙の年末調整では、従業員が控除申告書に氏名や金額を毎年手書きする必要がありました。電子化すれば、一度入力した内容を翌年以降もそのまま利用でき、記入の手間が大きく減ります。

PCやスマートフォン、タブレットから、24時間いつでもどこでも申告作業が可能です。

マイナポータルと連携すれば、生命保険や地震保険、iDeCoの掛金払込証明書など複数の控除証明書データを一括で取得・自動反映できます。添付作業もデータ上で完結するため、年末調整の手続きがよりスムーズになるでしょう。

③書類紛失のリスクが下がる

年末調整の時期に送付される控除証明書は、電子化によってデータで受け取れるようになります。

「どこに保管したかわからない」といった書類紛失のリスクがゼロに。再発行手続きのわずらわしさからも解放されます。

【企業側の4つのメリット】

企業側にとって、年末調整の電子化は人事や労務担当者の業務効率化とコスト削減に直結します。ここでは、主な4つのメリットを解説します。

1. 作業が効率化される
2. 記入・計算ミスの防止につながる
3. 法改正に自動で対応できる
4. 書類保管コストが削減できる

①作業が効率化される

年末調整において、担当者の業務は多岐にわたります。

• 書類の印刷
• 配布
• 回収
• 督促
• 内容チェック
• システムへの手入力
• 検算
• 問い合わせ対応など

電子化は、これら一連のアナログ作業をほぼすべて自動化します。従業員から提出されたデータは自動で集計・計算され、給与システムへの連携もスムーズです。

これにより、担当者の作業量は大きく減り、年末の忙しい時期にも時間的なゆとりが生まれます。空いた時間を使って、より付加価値の高いコア業務に取り組めます。

②記入・計算ミスの防止につながる

従業員側の入力ミスや計算ミスがなくなることに加え、担当者によるシステムへの転記ミスもなくなります。データの正確性が担保されるため、これまで頻発していた差し戻しや修正依頼のコミュニケーションコストが大幅に削減されるでしょう。

従業員と担当者の双方にとってストレスのない、スムーズな業務フローが実現し、組織全体の生産性向上に貢献します。

③法改正に自動で対応できる

年末調整に関連する税制は毎年のように改正され、その都度担当者は情報をキャッチアップし、様式を更新する必要がありました。クラウド型の年末調整システムを利用すれば、法改正の内容が自動でアップデートされるため、担当者が対応する必要はありません。

常に最新の法令に準拠した、正確でコンプライアンス上も安全な手続きを担保できます。

④書類保管コストが削減できる

年末調整関連の書類のほとんどは、法律で7年間の保管が義務づけられています。

申告書や添付書類を電子データで保管できるため、ファイルを保管するキャビネットや倉庫といった物理的なコストが一切かかりません。また、紙の印刷代や郵送費、管理にかかる人件費も削減できます。

アクセス権限や暗号化が設定されたシステムで保管することで、セキュリティが強化され、情報漏洩のリスクを大幅に低減させます。

６．年末調整を電子化するデメリット

年末調整の電子化には多くのメリットがある一方で、いくつかの課題もあります。従業員側、企業側それぞれのデメリットを理解し、対策を講じましょう。

【従業員側のデメリット】

年末調整の電子化自体は企業が進めますが、従業員側にも従来とは異なる手続きや準備が発生します。そのため、環境の整備や操作手順に戸惑う人が出る可能性があります。

利用環境（端末・ネット）の整備が必要

年末調整システムやマイナポータルにアクセスするには、スマートフォン、パソコンいずれかの端末が必要です。古い端末ではアプリが動かなかったり、マイナンバーカードのICチップを読み取れないことがあります。

操作がわからない、アプリが動かないなどのトラブルは、紙と違って従業員自身で解決しにくいものです。結果として、担当者への問い合わせが増えたり、期限ギリギリまで作業ができないこともあります。

控除証明書データ取得が煩雑

紙の年末調整では、生命保険会社などから郵送されてくるハガキや封書の「控除証明書」をそのまま提出すればよいという流れが一般的でした。

一方、電子化すると、控除証明書を「データ」で取得するために、従業員側で次のような対応が必要です。

• マイナポータルと自分の保険会社・共済などを連携させる
• 各社の「控除証明書発行サービス」にアクセスし、ID・パスワードでログインする
• 必要な証明書ファイルをダウンロードし、年末調整システムにアップロードする

保険会社ごとにログインIDが違う、パスワードを忘れる、どのファイルをどこにアップロードすべきか迷うといった点で、ストレスを感じる従業員も多くいます。

システムの操作負担

年末調整を電子化すると、専用システムへのログインや各種情報の入力、控除証明書データの取り込み、電子提出などの操作が必要になります。PCやスマホ操作に不慣れな従業員にとっては、ログイン方法や画面操作、ファイルのアップロードなど一つ一つが負担になります。

特に初年度は新しい操作を覚える必要があり、「わかりにくい」「時間がかかる」と感じやすく、入力ミスや提出漏れ、労務担当への問い合わせ増加につながる点がデメリットです。

【企業側のデメリット】

年末調整の電子化を進めるうえで、企業側には次のような課題が生じます。

システム導入コストの増加

年末調整を電子化するためには、専用のシステムやツールを導入する必要があります。これには初期費用や月額利用料といったコストが発生します。

ただし、ペーパーレス化による印刷費や郵送費、書類保管コストの削減に加え、業務効率化による人件費の削減効果を考慮すると、長期的にはコストメリットが上回るケースがほとんどです。

従業員への周知・教育が必要

年末調整を電子化すると、従業員の申告手順や業務フローが大きく変わります。新しい仕組みにスムーズに移行できるよう、事前にしっかり説明し、理解を促すことが大切です。

操作マニュアルの作成や説明会の開催、問い合わせ窓口の設置など、サポート体制を整える必要があります。特にITツールに不慣れな従業員がいる場合は、個別のフォローが求められる場面もあるでしょう。

セキュリティ対策の強化

従業員のマイナンバーや給与情報といった機密性の高い個人情報を扱うため、厳重なセキュリティ対策が必須です。

信頼性の高いシステムを選定するとともに、アクセス管理の徹底や従業員への情報セキュリティ教育など、運用面でのルール整備も重要です。

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７．年末調整の電子化を進める手順・流れ

年末調整をスムーズに電子化するには、導入前の検討から運用開始までのステップを事前に整理しておくことが大切です。ここでは、社内で電子化を導入・定着させるまでの流れを3つのステップで紹介します。

1. 電子化の実施方法を検討する
2. ソフトウェアや給与システムを導入・改修する
3. 従業員に周知する

①電子化の実施方法を検討する

まず、自社で年末調整の電子化をどのように進めるか、具体的な方法を検討します。選択肢は大きく分けて2つです。

自社の規模や予算、現在のIT環境、担当者のITリテラシーなどを踏まえて、どちらが現実的かを検討するとよいでしょう。

②ソフトウェアや給与システムを導入・改修する

①で検討した方法にもとづき、具体的なシステム導入や改修に進みます。

民間の年末調整システムを利用する場合は、複数サービスを比較し、自社のルールや給与形態に合うものを選びます。無料トライアルがあれば、実際に操作感を試した上で決定するのがおすすめです。

既存の給与システムを使い続ける場合は、次の点をベンダーに確認し、必要であれば改修を依頼しましょう。

• 年末調整の電子データを取り込めるか
• どこまで自動連携できるか

③従業員に周知する

年末調整を電子化すると、従業員側の手続きもこれまでと大きく変わります。法律上は、必ずしも事前に同意を取る必要はありませんが、従業員にも控除証明書データの取得など、新たな準備が発生します。できるだけ早いタイミングで案内したほうが安心です。

説明するときは、次の3点を明確に伝えるとスムーズです。

• 使用する年末調整ソフトと具体的な手続きの流れ
• マイナポータル連携で、控除証明書データをまとめて取得できること
• マイナンバーカードが間に合わない場合は、保険会社などのサイトから個別にデータ取得できること

あわせて、電子化のメリットも伝えると、前向きに協力してもらいやすくなります。具体的な操作手順をまとめたマニュアルを配布したり、質問を受け付ける窓口を設けることで、不安や疑問を解消しましょう。

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８．電子化された年末調整のやり方に関するよくある質問

年末調整の電子化に関して、多くの担当者から寄せられる質問とその回答をまとめました。

• Q1. 年末調整の電子化は義務ですか？
• Q2. 導入にかかる費用はどれくらいですか？
• Q3. 過去の紙の書類はすぐに処分してもよいですか？
• Q4. セキュリティ面で不安があります。対策はありますか？

Q1. 年末調整の電子化は義務ですか？

すべての企業に一律で義務化されているわけではありません。ただし、前々年に税務署へ提出した法定調書（源泉徴収票など）の枚数が100枚以上の企業は、e-Taxまたは光ディスク等による電子申告が法律で義務づけられています。従業員数が多い企業は、この条件に当てはまるケースが多いでしょう。

さらに、2027年1月1日以降は、前々年度に作成した法定調書が「種類ごとに30枚以上」ある企業も、電子提出の対象となる予定です。

制度上の義務がない企業でも、将来の義務化や業務効率化を見据えて、早めに電子化を進めるケースが増えています。

Q2. 導入にかかる費用はどれくらいですか？

費用は、導入するシステムの料金体系や企業の従業員数によって大きく変動します。一般的には、初期費用が無料〜数十万円、月額利用料が従業員1人あたり数百円程度のクラウドサービスが主流です。

多くのサービスでは、無料トライアル期間が設けられています。複数のシステムを実際に試し、機能、操作性、サポート体制、そしてコストのバランスを総合的に評価して、自社に最適なものを選定しましょう。

Q3. 過去の紙の書類はすぐに処分してもよいですか？

すぐに破棄することはできません。これまで紙で受け取った年末調整の申告書や関連書類には、原則7年間の保存義務があります。電子化を始めても、その期間が終わるまでは紙のまま保管が必要です。

しばらくは紙と電子データが併存しますが、毎年電子化の対象を広げていくことで、徐々に紙の書類は減っていくため、管理負担は着実に軽減されます。

Q4. セキュリティ面で不安があります。対策はありますか？

セキュリティ対策では、「どんなシステムを選ぶか」と「社内でどう運用するか」の両方が重要です。まずシステム側では、次のような機能が備わっているかを確認しましょう。

• 通信の暗号化（SSL/TLS）：第三者によるデータの盗聴や改ざんを防ぐ
• データの暗号化：保管されているデータ自体が暗号化されている
• アクセスログの管理：「いつ・誰が・何をしたか」が記録される
• 二段階認証：ID・パスワードに加え、別の要素で不正アクセスを防止する
• 第三者認証の取得：「プライバシーマーク」や「ISMS（ISO/IEC 27001）」などの認証を受けている

そのうえで、パスワードの管理ルールやアクセス権限の設定、従業員への情報リテラシー教育をおこなうことで、情報漏洩リスクを大きく下げることができます。

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９．まとめ｜年末調整の電子化で業務効率化を進めよう

年末調整の電子化は、ペーパーレス化だけではなく、人事・労務まわりの仕事全体を見直すきっかけにもなります。

システムを導入すれば、これまで手入力やチェックに取られていた時間を大幅に削減し、担当者はより戦略的な業務に集中できます。従業員にとっても、申告手続きがシンプルになり、負担が軽くなることで満足度の向上が期待できるでしょう。

「どうせ電子化するなら、人材情報もあわせて整理したい」という場合は、人材情報を一元管理できるタレントマネジメントシステムも候補に入れてみてください。

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